数学科学学院的前身数学系于1958年由著名数学家华罗庚教授亲自主持创办并任首任系主任，关肇直、吴文俊、冯康、龚昇、王元、万哲先、陆启铿、石钟慈、林群、张景中、***孺等一大批知名专家曾在此任教。2011年5月，数学科学学院正式挂牌成立，首任院长为马志明院士。学院为首批全国理科人才培养基地、中国科学院博士生重点培养基地、***特聘岗位设置学科，并获得首批数学一级学科博士学位授予权(涵盖数学所有博士点),2007年获首批一级重点学科，是教育部985、211工程、中科院知识创新工程建设学科。为吸引高水平的学者来学院讲学，学校为学院设立了" 华罗庚大师讲席" 及" 吴文俊大师讲席" 。
师资队伍
经过五十多年的艰苦创业，现已形成一支力量雄厚，结构合理的师资队伍。学院现有教授27人，副教授41名，其中包括5位***计划教授、3位***、6位***基金获得者及12位中科院***计划学者。年轻学者均具有国内外博士学位，形成了求实创新的治学风格，培养了一大批出类拔萃的人才，取得了很多高水平的研究成果。
科研成果
自九十年代以来，学院共获国家自然科学奖三等奖两项，中科院自然科学成果一等奖三项、二等奖两项，教育部科技进步一等奖一项，国家级教学成果二等奖两项。数学研究所经中科院批准，成立于1983年。2010年成立了国家数学与交叉科学中心合肥分中心和吴文俊数学重点实验室，主要任务是从事数学理论与应用等方面的研究。
学生培养
五十多年来，中国科大数学科学学院培养了一大批杰出人才，其中包括两位中科院院士，一位第三世界科学院院士，六十多位在海外著名高校工作的数学家，二十多位***、国家***基金获得者及中科院***计划获得者。本科人才培养的指导思想是：打好基础、淡化专业、提高素质，培养具有良好数学素养和创造性才能的从事数学研究和应用的优秀人才。为此，学院注重加强基础课的教学，同时开展数学建模与数学实验等多种教学和实践活动，培养学生具有扎实基础和综合运用数学与计算机知识解决实际问题的能力。2009年起，学院和中科院数学与系统科学研究院联合创办了数学本科生试验班— 华罗庚班，利用双方优势资源，共同培养世界级的精英数学人才，" 华罗庚班" 每年从学院和少年班学院新生中选拔30人左右。多年来，学院毕业生遍布海内外，他们中有的已成为有影响的数学家，有的凭借自身的深厚数学功底，走进计算机、信息、经济等应用领域并做出突出成绩。每年的毕业生中，约50%左右获得美国或欧洲著名大学的全额奖学金，继续攻读博士学位; 约30%被保送到中科院相关院所或国内大学，攻读硕士或博士学位。
